Ήταν 7 Δεκεμβρίου του 1975, όταν ένα σπάνιο ποδοσφαιρικό ταλέντο έκανε την πρώτη του εμφάνιση στο Ελληνικό πρωτάθλημα. Ο Βασίλης Χατζηπαναγής κάνει το ντεμπούτο του στον αγώνα Ηρακλή - Ατρόμητου, σ' ένα παιχνίδι που διεξήχθη στο Δημοτικό Στάδιο της Βέροιας. Συνολικά, αγωνίστηκε στο ελληνικό πρωτάθλημα ποδοσφαίρου 281 φορές και πέτυχε 61 γκολ. Ο Βασίλης Χατζηπαναγής ξεκίνησε το ποδόσφαιρο από τη Δυναμό Τασκένδης και το 1972 πήγε στην Παχτακόρ μέχρι το 1975 που ήρθε στην Ελλάδα για τον Ηρακλή Θεσσαλονίκης.
Στον Ηρακλή έκανε μεγάλη καριέρα και ήταν σπεσιαλίστας στα γκολ από κόρνερ. Εντυπωσιακή υπήρξε η συνεισφορά του στην κατάκτηση του Κυπέλλου Ελλάδας από τον Ηρακλή το 1976. Σε έναν από τους πιο εντυπωσιακούς τελικούς στην ιστορία του θεσμού (σκορ: 4-4, 7-6 στα πέναλτι) με τις τρίπλες του εξουδετέρωσε επανειλημμένα την άμυνα του Ολυμπιακού και πέτυχε δύο γκολ.
Επίσης, με τον Ηρακλή το 1984-85 κατέκτησε το Βαλκανικό Κύπελλο, επικρατώντας στο διπλό τελικό της ρουμανικής Αργκές Πιτέστι με 1-3, 4-1. Είχε αποφασιστική συμβολή στην πρόκριση στον τελικό και στην κατάκτηση του κυπέλλου, αφού σημείωσε γκολ σε όλους τους γύρους: στο 5-1 του α΄ γύρου επί της Γαλατασαράι, στο 1-0 του ημιτελικού επί της Ανκαραγιουτσού ενώ στο β΄ τελικό, στη Θεσσαλονίκη, πέτυχε το τρίτο γκολ της ομάδας του με πέναλτι.
Την τελευταία του επίσημη εμφάνιση με τον Ηρακλή έκανε στις 26 Οκτωβρίου 1990, την ημέρα των 36ων γενεθλίων του, στον αγώνα για το Κύπελλο ΟΥΕΦΑ με τη Βαλένθια. Όσο και αν ακούγεται παράξενο αυτή ήταν η μοναδική συμμετοχή του Χατζηπαναγή σε αγώνα ευρωπαϊκής διοργάνωσης.
Το 2003, με την ευκαιρία του εορτασμού των 50 χρόνων από την ίδρυση της UEFA, ανακηρύχθηκε κορυφαίος Έλληνας ποδοσφαιριστής των τελευταίων 50 χρόνων από την Ελληνική Ποδοσφαιρική Ομοσπονδία. Είχε καταπληκτική τρίπλα και αποκαλείτο «Νουρέγιεφ της μπάλας».