στην περίπτωση που υπάρχουν ληξιπρόθεσμες ή μη οφειλές προς το Δημόσιο και ο φορολογούμενος δικαιούται επιστροφής φόρου γίνεται αυτεπάγγελτος συμψηφισμός.
Μάλιστα στις 9 Ιουνίου η πολιτική ηγεσία του υπουργείου είχε εκδώσει ανακοίνωση σχετικά με τις επιστροφές φόρων και τον συμψηφισμό, στην οποία τονιζόταν ότι «Το Δημόσιο αντεπεξέρχεται στις υποχρεώσεις του απέναντι στους φορολογούμενους (στα δημοσιονομικά πλαίσια της περιόδου) και συνδυαστικά με την αναβάθμιση της διαδικασίας των επιστροφών, (που πλέον γίνεται αυτόματα και ηλεκτρονικά), υπερβαίνει τους μηνιαίους στόχους που έχουν τεθεί».
Ωστόσο, ο συμψηφισμός του φόρου εισοδήματος και του ΕΝΦΙΑ δεν γίνεται ηλεκτρονικά (δεν υπάρχει σχετικό σύστημα) και όσοι επιθυμούν να γίνει πρέπει να μεταβούν στην εφορία και να υποβάλουν σχετική αίτηση. Διαφορετικά, πρέπει να πληρώσουν πρώτα τον ΕΝΦΙΑ και μετά θα πιστωθεί στον λογαριασμό τους το σχετικό ποσό που δικαιούνται. Για παράδειγμα, κάποιος δικαιούται επιστροφής φόρου εισοδήματος 500 ευρώ. Ταυτόχρονα, είναι υπόχρεος σε ΕΝΦΙΑ 800 ευρώ. Η εφορία έπρεπε να του καταλογίσει υπόλοιπο φόρου 300 ευρώ (800 - 500 = 300).
Οπως προαναφέρθηκε, συμψηφισμός γίνεται μόνο κατόπιν αίτησης του φορολογουμένου (παρά το γεγονός ότι ο νόμος προβλέπει αυτόματη διαδικασία). Εφόσον ο φορολογούμενους δεν κάνει αίτηση η εφορία θα του επιστρέψει το οφειλόμενο ποσό έπειτα από 5 μήνες· δηλαδή στα τέλη Ιανουαρίου 2017, όταν και καταβάλλεται η τελευταία δόση του ΕΝΦΙΑ. Κανονικά, το ποσόν της επιστροφής φόρου πρέπει να επιστραφεί εντόκως, καθώς θα έχουν παρέλθει οι 90 ημέρες που προβλέπει η νομοθεσία. Σημειώνεται ότι το Δημόσιο παραβλέπει τη σχετική διάταξη και δεν επιστρέφει εντόκως τα ποσά ακόμα και εάν έχουν περάσει 90 ημέρες.
