Σε πρόσφατες (2014) ανασκαφικές δραστηριότητες, με αφορμή την κατασκευή αποχετευτικού δικτύου , στην γωνία των οδών Παλ. Πατρών Γερμανού και Κων-νου Παπακων-νου εντοπίστηκαν ευρήματα που ανήκουν σε συγκρότημα αγροκτήματος (villa) της ύστερης ρωμαϊκής περιόδου ( τέλη του 3ου –αρχές του 4ου αι.). Από την περιοχή του Μακροχωρίου προέρχονται αρχιτεκτονικά μέλη και τρεις επιγραφές των ρωμαϊκών χρόνων όπως του μονομάχου Πεκουλιάρη (ο μονομάχος ήταν vetiarius δηλ. δικτυοβόλος και το όνομά του ήταν συνηθισμένο σε πρόσωπα ταπεινής καταγωγής. Αναφέρεται ότι κέρδισε σε αγώνα πυγμής α΄ νίκη. Η επιτύμβια στήλη βρέθηκε το 1969 ). Στην ευρύτερη περιοχή επίσης εντοπίστηκε καμίνι κατασκευής απλών κεραμικών σκευών της Ρωμαϊκής περιόδου.
Η ιστορία του σίγουρα ακολούθησε την ιστορική μοίρα όλης της περιοχής. Από το 989 έως το 1001 την περιέλαβε στο κράτος του ο Τσάρος Σαμουήλ. Στην Φραγκοκρατία (1204) δόθηκε στο βασίλειο της Θεσσαλονίκης και στον Βονιφάτιο τον Μομφερατικό. Το 1206, ο Τσάρος Ιωαννίτζης (Σκυλογιάννης) λεηλάτησε την περιοχή και κατέλαβε τη Βέροια εγκαθιστώντας και Βούλγαρο επίσκοπο. Το 1207 επέστρεψαν οι Φράγκοι και εκδιώχθηκαν οριστικά το 1215/6. Το 1345 ο Κράλης Στέφανος Δουσάν κατακτά όλη την περιοχή ως το 1355. Στα τέλη του 14 ου αιώνα ( 1373 -4 ) εμφανίστηκαν οι Τούρκοι οι οποίοι οριστικά κατέκτησαν τη Βέροια στις 9 Απριλίου του 1433. Η πρώτη γνωστή αναφορά σε αυτό γίνεται το 1326 στην διαθήκη ενός άρχοντα Σκουτάριου του Θεόδωρου Σαραντηνού. Σε αυτήν περιέχονται τα σχετικά με την αφιέρωση κτημάτων στην Πατριαρχική και Σταυροπηγιακή Μονή του Τιμίου Προδρόμου της Πέτρας που είχε ιδρύσει ο ίδιος μέσα στην πόλη της Βέροιας, στην περιοχή του σημερινού 6 ου Δημοτικού Σχολείου που τότε ονομάζονταν του Σκωρονύχου . Στο μοναστήρι προσφέρεται μεταξύ άλλων και το αγρόκτημα ( ζευγηλατείο ) του Μακροχωρίου και απαριθμούνται εργαλεία και ονόματα των δουλοπάροικων καλλιεργητών καθώς επίσης γίνεται λεπτομερής αναφορά της θέσης του ζευγηλατείου δίπλα στο Βασιλικό ποταμό (σημερινός Τριπόταμος,Τουρκ. Ανά Ντερέ ). Πιθανή είναι και η ύπαρξη πύργου για την ασφάλεια των κατοίκων.
Τέλος ολόκληρη η Μονή με την περιουσία της δίνεται ως μετόχι από τον Σαραντηνό στη Μονή Βατοπεδίου του Αγίου Όρους. Κατά την Τουρκοκρατία ( αρχές 16 ου αι.) το Μικρογούζι , όπως είχε μετονομαστεί πλέον το Μακροχώρι , ανήκε στον κάζα της Καρά Φεριέ (Βέροιας). Ήταν βακούφι των απογόνων του κατακτητή της περιοχής Γαζή Εβρενός Μπέη , δηλ. χωριό που με τα έσοδά του συντηρούσε φιλανθρωπικά ιδρύματα . Στο πέρασμα των χρόνων (17 ος αι.) το βακούφικο καθεστώς ατόνησε και οι κάτοικοι έπρεπε να πληρώνουν τους τακτικούς και έκτακτους φόρους όπως όλοι οι χριστιανοί . Σε μαρτυρία σχετικά με περιοδεία του Μητροπολίτη Δανιήλ (1769 – 1799;), που έγινε μετά το 1770, αναφέρεται ότι η Αρχιερατική εισφορά του την οποία απέδιδαν οι χριστιανοί κάτοικοι ήταν 3.180 γρόσια . Αν υπολογιστεί ότι το κάθε στεφάνι ( οικογένεια ) είχε υποχρέωση να καταβάλει ετήσια αρχιερατική εισφορά περίπου 18 γρόσια – το 1/6 της τουρκ. λίρας , μπορεί να υπολογιστεί ο πληθυσμός του χωριού περίπου σε 176 οικογένειες και σε 800 χριστιανούς κατοίκους .
Από την έρευνα που ακολούθησε την κατασκευή αποχετευτικού αγωγού (2014) στην οδό Ολύμπου βρέθηκε πλήθος εμφιαλωμένων κεραμικών που ανήκε στην σκευή δημόσιου κοσμικού κτηρίου της ύστερης οθωμανικής περιόδου. Στα 1804 ο Αλή Πασάς εισβάλει στους Καζάδες της Βέροιας και της Νάουσας. Τότε αρπάζει περιουσίες Μουσουλμάνων και Χριστιανών κατοίκων, απαιτεί την καταβολή ετήσιου φόρου και τοποθετεί στα καταλαμβανόμενα τσιφλίκια δικούς του επιστάτες (σουμπασήδες) όπως έγινε και στο Μικρογούζι. Ο πληθυσμός υποφέρει τα πάνδεινα από την πλεονεξία του νέου κατακτητή εργαζόμενος σε καθεστώς τιμαριωτικής δουλείας και αποδίδοντάς του ετήσιο φόρο. Η κυριαρχία του διαρκεί ως το 1820. Καταλυτικές πρέπει να στάθηκαν και οι καταστροφικές εξελίξεις (ο Χαλασμός) της Επανάστασης του 1822 στην περιοχή. Ο Μεχμέτ Εμίν Αμπντούλ Αμπούντ Πασάς γνωστός ως Εμπού Λουμπούτ ( Ροπαλοφόρος ) αφάνισε 120 οικισμούς και χωριά της Ημαθίας και μεταξύ αυτών σίγουρα και το Μικρογούζι.
Γύρω στο 1900 στο χωριό υπήρχαν 75 σπίτια και 385 κάτοικοι σύμφωνα με την στατιστική του Καζά Βέροιας. Οι κάτοικοι του χωριού ήταν αγρότες. Οι εκτάσεις της γης ανήκαν τόσο σε μουσουλμάνους όσο και σε χριστιανούς κτηματίες. Αναφέρεται και η ύπαρξη ενός χειμαδιού 20 βλάχικων οικογενειών. Ελληνικό Σχολείο με την ονομασία Ελληνική Σχολή Μικρογουζίου ιδρύθηκε το 1907. Ο Μακεδονικός Αγώνας επηρέασε και τη ζωή των κατοίκων. Υπήρχε άλλωστε άμεση η γειτνίαση με το Βάλτο των Γιαννιτσών που ήταν πεδίο δράσης τόσο των κομιτατζήδων όσο και των Ελληνικών Σωμάτων. Ο Βάλτος ήταν μία υδάτινη έκταση έκτασης περίπου 180 τετρ. χιλ. που τροφοδοτούνταν από τα ποτάμια Λουδία, Μογλενίτσα όπως επίσης τα νερά του Βερμίου και του Παΐκου. Στις νησίδες της Λίμνης και ανάμεσα στους πυκνούς καλαμιώνες είχαν εγκαταστήσει τις καλύβες και τα κρησφύγετα τους οι Βούλγαροι κομιτατζήδες και έλεγχαν τα γύρω χωριά και τις δημοσιές. Οι κάτοικοι του Μικρογουζίου παρέμειναν Πατριαρχικοί παρόλες τις έντονες πιέσεις των Βουλγάρων για ένταξη τους στην Εξαρχία. Σε αναφορές της εποχής αναφέρεται ως μεικτό με πατριαρχικούς και ρουμανίζοντες κατοίκους και μάλιστα Ελληνικό αντάρτικο απόσπασμα συνέλαβε και εκτέλεσε τον πατριαρχικό Μουχτάρη (Πρόεδρο) και τρεις ρουμανίζοντες κατοίκους.
Σύνδεσμοι των Ελλήνων Καπεταναίων ήταν μεταξύ άλλων ο γεννημένος στο Μικρογούζι και ηγήτορας της αντάρτικης κίνησης στη Βέροια Αναστάσιος Σιορ-Μανωλάκης , καθώς και οι Μικρογουζιώτες Γρηγόριος Δούκας , Αθανάσιος Τσιναφορνιώτης και Γρηγόριος Παπακωνσταντίνου που έδρασε ως πράκτορας Γ΄τάξης και περιποιήθηκε τους Έλληνες αντάρτες. Στις 16 Οκτωβρίου 1912 ο Ελληνικός Στρατός άρχισε να απελευθερώνει τη Βέροια και τα χωριά του Κάμπου από τη σκλαβιά που κράτησε κοντά 500 χρόνια. Οι περισσότεροι κάτοικοι του Μικρογουζίου ήταν κρυμμένοι, εξαιτίας του φόβου για τις αντιδράσεις των Τούρκων, στο Σουφουλιό μία δασωμένη περιοχή μεταξύ του Μακροχωρίου και των Καβασίλων. Στα όρια του οικισμού εγκαταστάθηκαν προφυλακές της 1 ης και 3 ης Μεραρχίας. Ανακούφιση και λύτρωση από το βάσανο της ελονοσίας πρόσφερε η απόφαση για την αποξήρανση της λίμνης των Γιαννιτσών . Το 1934 τελείωσε η κατασκευή της περιφερειακής συλλεκτηρίου τάφρου ( τάφρος 66 ) που μέσα της κατέληγαν τα νερά που τροφοδοτούσαν την λίμνη . Οι εκτάσεις από την αποξήρανση που προέκυψαν δόθηκαν σε καλλιεργητές μεταξύ αυτών και σε Μακροχωρίτες. Οι Γερμανοί κατέλαβαν την περιοχή της Βέροιας και φυσικά το Μακροχώρι στις 11 Απριλίου του 1941 και παρέμειναν μέχρι τον Οκτώβριο του 1944. Ο πληθυσμός δοκιμάστηκε , έζησε την τρομοκρατία καθώς και την συστηματική καταλήστευση του πλούτου. Η απελευθέρωση της περιοχής εντάσσεται στο ευρύτερο πλαίσιο της αποχώρησης των Γερμανών από τη Βόρεια Ελλάδα, εξαιτίας του φόβου αποκλεισμού της οδού επιστροφής μέσω Γιουγκοσλαβίας. Στις 27 Οκτωβρίου 1944 ξεκίνησε να εισέρχεται στην πόλη της Βέροιας ο ΕΛΑΣ και ο εφεδρικός ΕΛΑΣ, ως απελευθερωτές, ενώ η αποχώρηση των Γερμανών συνεχιζόταν. Σύμφωνα με κάποιες μαρτυρίες το απόγευμα της 29ης Οκτωβρίου εισήλθαν στην πόλη με οργανωμένα τμήματα το 16ο Σύνταγμα του ΕΛΑΣ και ακολούθησε η πρώτη συγκέντρωση της απελευθέρωσης. Στις ίδιες ημερομηνίες απαλλάχτηκε και το Μακροχώρι από τη ναζιστική κατοχή .Απώλειες υπήρξαν και στο Εμφύλιο που ακολούθησε την Απελευθέρωση. Στην απογραφή του 1913, που ακολούθησε την απελευθέρωση, το Μικρογούζιον, που ανήκε στην Υποδιοίκηση Βερροίας του Νομού Θεσσαλονίκης, είχε 626 κατ. (322 άρ. , 297 θύλ.). Το Μικρογούζι αναγνωρίζεται ως κοινότητα, της Υποδιοίκησης Βερροίας του Νομού Θεσσαλονίκης ,το 1918 και στην απογραφή του 1920 έχει 708 κατοίκους( 358 άρ. , 350 θύλ. ). Ευεργετική στάθηκε για τον τόπο η άφιξη των προσφύγων της Μικρασιατικής Καταστροφής και της ανταλλαγής των πληθυσμών που ακολούθησε. Με καταγωγή από την Νικομήδεια, τον Πόντο και την Ανατολία αύξησαν τον πληθυσμό του Μικρογουζίου της Επαρχίας Βερροίας του Νομού Θεσσαλονίκης, που το 1928 φτάνει τους 1154 ( 587 άρ. , 567 θύλ. ) κατοίκους και έφεραν μαζί τους τις ιδιαίτερες συνήθειες, την λαλιά και τις παραδόσεις τους.
Τους δόθηκε γη στην περιοχή που ονομάστηκε Συνοικισμός στο τέλος του τότε χωριού ανεβαίνοντας προς τη Βέροια. Το 1930 το Μικρογούζι μετονομάστηκε, παίρνοντας την βυζαντινή του ονομασία πάλι, σε Μακροχώρι ( επίσημη ημερομηνία μετονομασίας 28/8/1940 Φ.Ε.Κ. 271/1940). Οι απογραφές που ακολούθησαν έδειξαν την αύξηση του πληθυσμού ( το 1940 κατ. 1989 -991 άρ. , 998 θύλ. -, το 1951 κατ. 2359, το 1961 κατ. 3029, το 1971 κατ. 3048, το 1981 κατ. 3850, το 1991 κατ. 4338, το 2001 κατ. 4788 και το 2011 κατ. 5189). Στο χωριό πλέον οι κάτοικοι έχουν κυρίως καταγωγή ντόπια, ποντιακή, μικρασιάτικη, βλάχικη, θρακιώτικη καθώς και από όλα τα μέρη της Ελλάδας. Επίσης κατοικούν μετανάστες από άλλες χώρες. Το 1998 το Μακροχώρι έγινε η έδρα του νεοσύστατου Δήμου Αποστόλου Παύλου που περιλαμβάνει τις πρώην κοινότητες του Μακροχωρίου, του Διαβατού, της Κουλούρας, της Νέας Νικομήδειας και της Παλαιάς και Νέας Λυκογιάννης. Σύμφωνα με την Διοικητική μεταρρύθμιση Καλλικράτης ο Δήμος όπου ανήκει το Μακροχώρι εντάχθηκε το 2011 στο Δήμο Βέροιας.
